Ils analysent des excréments de chauve-souris pour limiter l’usage de pesticides

Amiens (Somme), reportage

Équipé de sa lampe frontale, Louis Hue inspecte la charpente des combles du lycée agricole Le Paraclet à Amiens. Soudain, son regard s’arrête sur deux petites formes brunes blotties dans l’interstice du bois. « Là, entre la poutre claire et la foncée : ce sont deux murins à moustaches », indique le naturaliste de l’association Picardie Nature. Il s’accroupit sur le plancher et examine la bâche parsemée de guano, les excréments des chauves-souris.

Puis prélève à l’aide d’une pince un mince tortillon « tout noir brillant » de la taille d’un grain de riz : « Ça, c’est du guano très frais ! Pile ce qu’il nous faut ! » Délicatement, Louis Hue le dépose dans un tube rempli d’alcool, qu’il range dans son kit de prélèvement. En une demi-heure, il remplit les 20 tubes du kit, plus un sachet hermétique avec le reste des déjections fraîches de cette colonie de murins à moustaches. 

Les échantillons rejoindront ensuite le laboratoire Écologie et dynamique des systèmes anthropisés (Edysan) du CNRS et de l’université de Picardie Jules Verne pour analyse. Car les chauves-souris, prédatrices naturelles de nombreux insectes nuisibles pour l’agriculture, pourraient contribuer à nous rendre moins dépendants des intrants chimiques. C’est en tout cas l’hypothèse du projet de recherche-action TransAgroBat, qui étudie les chauves-souris des régions agricoles des Hauts-de-France et des régions wallonne et flamande (Belgique), comptant parmi les plus productives d’Europe.

Bordé par 120 hectares de cultures, le lycée agricole Le Paraclet est l’un des 30 sites retenus pour le projet dans les Hauts-de-France, pour la collecte et l’étude de guano. L’objectif : analyser génétiquement les excréments de quatre groupes de chauves-souris — pipistrelles communes, sérotines communes, murins (à oreilles échancrées et à moustaches) et oreillards gris — afin d’identifier avec précision les insectes nuisibles qu’elles consomment, dans quelle proportion et à quelle fréquence. Et quantifier, avec une analyse écotoxicologique, leur exposition aux polluants d’origine anthropique pour mieux identifier les paysages qui leur sont plus favorables, et ceux plus à risque.

« On est passé deux fois par site, selon les périodes d’émergence des insectes, pour avoir l’image la plus complète possible du régime alimentaire des chauves-souris, précise Louis Hue, en déposant dans une énorme glacière la récolte du jour. Là-dedans, il y a tous les prélèvements de notre deuxième session de collecte, menée de mi-juillet à fin août. » 

Direction maintenant l’université de Picardie Jules Verne, où Diane Zarzoso-Lacoste, enseignante-chercheuse en écologie et coordinatrice du projet TransAgroBat, nous accueille tout sourire. En longeant le couloir qui mène au laboratoire, la chercheuse est intarissable en anecdotes. « Pour distinguer une crotte de chauve-souris de celle d’une souris, il suffit d’en prendre une entre ses doigts et d’essayer de l’écraser : si elle reste dure, c’est à la souris ; si elle s’effrite en poudre, c’est à la chauve-souris ! » Car le guano est exclusivement composé des parties chitineuses non digérées (carapaces, ailes) des arthropodes et très friables.

Devant la porte d’un congélateur à - 72 °C, le sourire énigmatique de Diane Zarzoso-Lacoste laisse augurer une nouvelle anecdote. « Savez-vous qu’une pipistrelle, qui pèse en moyenne 5 grammes, peut consommer en une nuit plus d’un tiers de son poids en insectes ? Soit l’équivalent de 20 à 30 kilos de nourriture par jour pour une personne de 60 kilos ! »

Selon les espèces, une seule chauve-souris peut manger plusieurs centaines d’insectes par nuit. Dont de nombreux ravageurs de cultures (pyrales du maïs, carpocapses [un papillon dont la larve attaque pommes et poires], tordeuses des céréales…) mais aussi des mouches et des moustiques, vecteurs potentiels de maladies pour l’humain et pour le bétail. Les chauves-souris insectivores sont d’ailleurs reconnues comme des auxiliaires de cultures – une espèce qui aide indirectement un agriculteur à prendre soin de ses récoltes.

« En se nourrissant de grandes quantités d’insectes, les chauves-souris participent au biocontrôle nocturne des nuisibles, en complément d’autres prédateurs actifs le jour comme les oiseaux, explique Diane, en attrapant les prélèvements de la glacière un à un pour les ranger avec les autres échantillons de guano à analyser. Elles travaillent quand les autres auxiliaires de cultures dorment. » À ses côtés, son acolyte Louis renchérit : « Les chauves-souris, ce sont les hirondelles de la nuit ! »

Réduire le recours aux pesticides

Mais jusqu’ici, le rôle spécifique de chaque espèce et leur complémentarité dans ce service de biocontrôle étaient mal connus. Grâce à une méthode d’analyse génétique basée sur l’ADN, Diane Zarzoso-Lacoste et son équipe ont réussi à identifier les proies de plusieurs espèces de chauves-souris à partir d’un premier échantillonnage de guano, lors de leurs recherches préliminaires en 2025.

« On a découvert que le petit rhinolophe consommait 23 des 29 espèces d’insectes ravageurs identifiés génétiquement dans le guano analysé, confie la chercheuse. Donc c’est un super allié ! Et parmi ses proies, il y en a une qui nous a surpris : la Drosophila suzukii, un moucheron invasif venu d’Asie qui est un ravageur redoutable des petits fruits comme les cerises ou les fraises. »

Selon les résultats préliminaires auxquels Reporterre a eu accès, les espèces de chauves-souris étudiées — malgré leurs différences de régime alimentaire — consomment toutes une forte proportion d’insectes ravageurs agricoles et sylvicoles. Les résultats indiquent aussi que cette consommation est fréquente : 74 % des crottes de pipistrelles analysées et 65 % de celles des murins contenaient des insectes ravageurs.

À terme, le but de ce projet, dont les premiers résultats sont attendus à partir de septembre 2027, est de réduire le recours aux pesticides dans les parcelles agricoles en révélant les services de biocontrôle rendus par les chauves-souris. Et de freiner le déclin de plusieurs espèces — en identifiant les aménagements du paysage qui favorisent leur présence — comme le murin à moustaches, dont les populations ont chuté de plus de 20 % entre 2014 et 2023, ou la pipistrelle commune, qui a perdu près d’un quart de ses effectifs au cours de la même période.

Les causes ? Un cumul de pressions causées par les activités humaines sur leurs habitats naturels. La disparition des haies servant de corridors de déplacement et de terrains de chasse aux chauves-souris, combinée à l’usage d’insecticides, réduisent leurs ressources alimentaires. L’expansion urbaine et la rénovation énergétique des bâtiments, qui tiennent trop peu compte des chauves-souris lors des travaux, les privent de nombreux gîtes.

Sans oublier la pollution lumineuse ou le développement des infrastructures de transport et des parcs éoliens qui augmentent le risque de collision en plein vol. Face à ces pressions, les 36 espèces de chauves-souris présentes en France hexagonale, dont 22 dans les Hauts-de-France, sont classées protégées.

« C’est cool de se dire qu’en favorisant les petits rhinolophes, par exemple avec des haies dans les vergers, on pourrait limiter les dégâts causés par la Drosophila suzukii et d’autres ravageurs, dit Diane Zarzoso-Lacoste. Et que les chauves-souris pourraient nous aider à réduire l’intensité de l’usage des insecticides dans nos territoires ! »

Comme d’autres chercheurs, elle alerte sur les limites de l’utilisation généralisée des intrants chimiques. «  On ne pourra pas les utiliser durablement : on sait que ça nourrit la résistance des ravageurs, qui s’y adaptent. Surtout qu’à l’avenir, avec le changement climatique, certaines régions risquent de voir arriver de nouveaux nuisibles. » En effet, la hausse des températures engendre la prolifération de certains ravageurs et modifie leur répartition géographique, en plus d’avoir un impact sur les cultures. 

« D’où l’intérêt de favoriser la présence de colonies en pleine santé dans les paysages agricoles pour qu’elles fassent à fond leur job de biocontrôle nocturne, conclut-elle. Si chaque chauve-souris mange en une nuit plusieurs centaines d’insectes ravageurs… Collectivement, ça fait chaque nuit des milliers et des milliers d’insectes nuisibles en moins ! »